Glüten duyarlılığı ve çölyak hastalığının semptomları birbirine benzer tetikler gösterir.öncelikle her iki hastalığın teşhisi içinde kan testi gereklidir.kan testine ait değerler pozitif çıkarsa bir sonraki aşama olan endoskobi yapılır. Hastaya endoskobi yapılarak bağırsak hücrelerindeki doku tahribi kontrol edilir.çölyak hastalığına özgü bulgular gözleniyorsa bu hastanın “çökyak hastalığı”na sahip olduğunu gösterir.bağırsak sisteminde herhangi bir tahribat bulunmadığı halde kişinin yapılan kan testiyle alerjisi olduğu görülüyorsa literatürde “glüten enteropatisi”olarak geçen glüten hassasiyeti bulunmaktadır.gluten hassasiyetiyle doktor gözetiminde kişinin bazı ürünleri “eleme” yöntemiyle bırakması istenir.bu ürünlerin bırakılmasıyla hasta, glütensiz beslenmeye olumlu yanıt veriyorsa çölyak dışı glüten duyarlılığı teşhisi konulabilir.